MySQL Workbench se ejecuta en Windows y Linux. La versión comercial le permitirá realizar ingeniería inversa y editar la estructura de una base de datos en vivo, con la versión gratuita primero tiene que volcar la estructura en un archivo. Su antepasado DBDesigner es un poco más antiguo, pero no tiene esta limitación. Windows y Linux también.
Si estos dos son excesivos, puede probar con HeidiSQL , el descendiente de MySQLFront. Se ejecuta solo en Windows, pero hay una versión alfa que se ejecuta en Java.