De acuerdo con la documentación de MySQL, para realizar una actualización de tabla cruzada, no puede usar una unión (como en otras bases de datos), sino una cláusula where:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0 /es/actualizar.html
Creo que algo como esto debería funcionar:
UPDATE User_Settings, Contacts
SET User_Settings.Contact_ID = Contacts.ID
WHERE User_Settings.Account_ID = Contacts.Account_ID