Creo que lo que estás encontrando es una limitación de la consola MySQL. Dada una lista de declaraciones, la consola de MySQL ejecuta cada una independientemente de los errores generados. Incluso si implementó algunas de las sugerencias de generación de errores que se mencionaron en los comentarios anteriores, la consola de MySQL no dejará de ejecutarse cuando se encuentre dicho error.
Asumiré que no tiene los recursos para aplicar un lenguaje de secuencias de comandos al problema que podría ejecutar su SQL por usted y manejar los errores. Creo que en este caso, solo necesitas una herramienta más robusta que la consola MySQL.
Administrador de MySQL hace lo que necesitas, si entiendo tu problema correctamente. Si configura su conexión MySQL y se conecta a la base de datos, tiene dos herramientas disponibles en el menú Herramientas. La consola MySQL normal está allí, pero también tiene el Navegador de consultas MySQL.
Si abre el Navegador de consultas, obtiene una vista GUI decente de sus bases de datos MySQL. Archivo -> Abrir secuencia de comandos para abrir su secuencia de comandos SQL, luego use el botón Ejecutar.
Obtiene una buena barra de progreso y, lo que es más importante, por su sonido, si una consulta falla, la ejecución del script se detiene y resalta la consulta fallida. Puede optar por omitirlo y continuar, o incluso modificar manualmente sus datos y comenzar desde otro lugar más adelante en la secuencia de comandos.
Abandoné la consola MySQL casi de inmediato una vez que me enteré y probé Administrator.