multi=True
es un requisito para el conector MySql. No puede configurar este indicador pasándolo a los métodos de SQLAlchemy. Haz esto:
conn = session.connection().connection
cursor = conn.cursor() # get mysql db-api cursor
cursor.execute(sql, multi=True)
Más información aquí:http://www.mail-archive.com /[email protected]/msg30129.html