La consulta MYSQL se realiza muy lentamente

Los índices son tus amigos.

UPDATE User ... WHERE id = ... -- Necesita desesperadamente un índice de ID, probablemente PRIMARY KEY .

Del mismo modo para renameSource .

SELECT * 
FROM `User` `t` 
WHERE `t`.`firstName`='Franck' 
  AND `t`.`lastName`='ALLEGAERT ' 
  AND `t`.`dateOfBirth`='1971-07-29' 
  AND (userType NOT IN ("1")) 
LIMIT 1;

Necesita INDEX(firstName, lastName, dateOfBirth); los campos pueden estar en cualquier orden (en este caso).

Mire cada consulta para ver qué necesita, luego agregue ese INDEX a la mesa. Lea mi libro de cocina sobre creación de índices .