Ver tambiénhttp://www.mysqlperformanceblog.com/2006/07/12/insert-into-select-performance-with-innodb-tables/
si no usa la replicación, puede cambiar innodb_locks_unsafe_for_binlog para cambiar este comportamiento de bloqueo.
O puede volcar los datos en un archivo y luego volver a cargar los datos desde un archivo. Esto también evita los bloqueos.