UPDATE table SET Password = MD5(Password)
Sin embargo, diré que MD5 no es un muy buen nivel de encriptación y debería considerar algo más fuerte como ENCRYPT con una sal personalizada. Lea sobre esto aquí
EDITAR:Parece que la pregunta original cambió. Aquí está la consulta alterada para acomodar
UPDATE table SET Password = MD5(Password) WHERE ID!=[specified index]
EDITAR:Digno de mención
