¿Cómo incluir el esquema de la base de datos MySQL en GitHub?

La práctica común es incluir un script de instalación que cree las tablas necesarias, por lo que la solución #2 sería el camino a seguir.

[editar] Ese script podría simplemente reproducir un volcado.;)

También podría estar interesado en las migraciones:Cómo automatizar la migración (esquema y datos) para la aplicación PHP/MySQL