El ibtmp1 una vez creado, no se puede reducir por ningún método sin reiniciar el servicio mysql.
Hay dos formas de manejarlo:
Precaución :En el momento de iniciar el servidor, debe limitar el tamaño de este archivo como:
innodb_temp_data_file_path = ibtmp1:12M:autoextend:max:5G
donde max 5G significa que el tamaño de este archivo se limita a 5 GB.
Cura :Si el archivo ya se creó, debe reiniciar el servicio:
SET GLOBAL innodb_fast_shutdown = 0;
Shutdown MySQL
remove ibtmp1
start MySQL.
Documentos:https://dev.mysql.com /doc/refman/5.7/en/innodb-temporary-tablespace.html