MySQL selecciona filas donde la combinación izquierda es nula

Podría utilizar la siguiente consulta:

SELECT  table1.id 
FROM    table1 
        LEFT JOIN table2 
            ON table1.id IN (table2.user_one, table2.user_two)
WHERE   table2.user_one IS NULL;

Aunque, dependiendo de sus índices en table2 puede encontrar que dos uniones funcionan mejor:

SELECT  table1.id 
FROM    table1 
        LEFT JOIN table2 AS t1
            ON table1.id = t1.user_one
        LEFT JOIN table2 AS t2
            ON table1.id = t2.user_two
WHERE   t1.user_one IS NULL
AND     t2.user_two IS NULL;