SELECCIONE id QUE TIENE el recuento máximo de id

SELECT color_id AS id, COUNT(color_id) AS count 
FROM products 
WHERE item_id = 1234 AND color_id IS NOT NULL 
GROUP BY color_id 
ORDER BY count DESC
LIMIT 1;

Esto le dará el color_id y el conteo de ese color_id ordenados por el conteo de mayor a menor. Creo que esto es lo que quieres.

para su edición...

SELECT color_id, COUNT(*) FROM products WHERE color_id = 3;