Sí, puede cambiar los motores de entrada y salida como ropa interior usada, si lo desea, sin muchos problemas. Simplemente cámbielo en phpmyadmin.
Pero no lo cambiaría por cambiarlo. ¿Necesitas usar claves foráneas? Cambialo. ¿Necesita bloqueo de nivel de fila en lugar de bloqueo de tabla? Cambialo.
Vale la pena señalar que también hay buenas razones para usar MyISAM. Eche un vistazo a la indexación FULLTEXT. No puedes hacer eso con InnoDB.
ACTUALIZAR
A partir de MySQL 5.6, FULLTEXT también se ha implementado para tablas InnoDB. Aquí está el manual .
