Ok, el tiempo de espera proviene de la línea del archivo Protocol.js:162. Si revisa node-mysql, verá que es un "tiempo de espera" variable para las consultas. Si establece el tiempo de espera en algo mucho más alto que 10000, el valor predeterminado, entonces el error debería desaparecer. Un ejemplo es
pool = require('mysql').createPool({
connectionLimit : 1000,
connectTimeout : 60 * 60 * 1000,
acquireTimeout : 60 * 60 * 1000,
timeout : 60 * 60 * 1000,
host : process.env.DB_HOST,
user : process.env.DB_USERNAME,
password : process.env.DB_PASSWORD,
database : process.env.DB_DATABASE
});
También puede editar el tiempo de espera en el archivo Sequence.js (node_modules/mysql/lib/protocol/sequences/Sequence.js)
this._timeout = 100000;