Desde MySQL documentación :
Básicamente, la única vez que un ORDER en una unión será útil si está usando LIMIT también.
Entonces, si su consulta fue así:
(SELECT * FROM `jokes` WHERE `flags` < 5 AND (`title` LIKE "%only three doors%" OR `joke` LIKE "%only three doors%") ORDER BY `ups` DESC,`downs` ASC LIMIT 10)
UNION ...
Luego, vería los primeros diez registros que se devolverían en función de ese orden, pero no necesariamente se mostrarían en orden.
ACTUALIZACIÓN:
Prueba esto:
(SELECT *, 1 as ob FROM `jokes` WHERE `flags` < 5 AND (`title` LIKE "%only three doors%" OR `joke` LIKE "%only three doors%") )
UNION
(SELECT *, 2 as ob FROM `jokes` WHERE `flags` < 5 AND (`title` LIKE "%only%" OR `joke` LIKE "%only%") )
UNION
(SELECT *, 3 as ob FROM `jokes` WHERE `flags` < 5 AND (`title` LIKE "%three%" OR `joke` LIKE "%three%") )
UNION
(SELECT *, 4 as ob FROM `jokes` WHERE `flags` < 5 AND (`title` LIKE "%doors%" OR `joke` LIKE "%doors%"))
ORDER BY `ob`, `ups` DESC,`downs` ASC LIMIT 0, 30
