La información que desea se puede encontrar ejecutando
mysql --help
o
mysqld --help --verbose
Probé este comando en mi máquina:
mysql --help | grep "Default options" -A 1
Y se imprimió:
Default options are read from the following files in the given order:
/etc/my.cnf /usr/local/etc/my.cnf ~/.my.cnf
Vea si eso funciona para usted.