Mi experiencia en agosto de 2013 fue la siguiente para una instancia de RDS creada a través de Elastic Beanstalk.
0) Suponiendo que la instancia de RDS ya se haya creado
1) Inicie sesión en la consola de administración:https://console.aws.amazon.com/console/home
2) Seleccione Servicios->VPC
3) Seleccione Security Groups (en el lado izquierdo)
4) Seleccione el grupo cuya descripción dice "Security Group for RDS DB..."
5) En el panel Security Group Selected en en la parte inferior de la página, elija "Entrante"
6) Seleccione MySQL como regla.
7) Escriba la dirección IP de mi máquina local, p. 145.23.32.15/32
8) Haga clic en Agregar regla y Aplicar cambios de regla
Después de hacer esto, pude conectarme a la base de datos usando mysql desde mi máquina local.
a) Desde la consola de administración, seleccione Servicios->RDS
b) Haga clic en Instancias de base de datos (solo tengo una) y seleccione "Ir a la página de detalles" para la instancia requerida
c) Obtenga el host y el puerto de la endpoint
d) Desde una sesión de terminal, haga algo como:mysql --host blah.blah.blah.us-west-2.rds.amazonaws.com --port 3306 -u my-user-name -p
