Vaya a Editar -> Preferencias -> Editor de SQL y verá:
DBMS connection keep-alive interval (in seconds): 600
DBMS connection read time out (in seconds): 600
DBMS connection time out (in seconds): 60
El intervalo de mantenimiento de la conexión DBMS indica la frecuencia con la que Workbench envía una solicitud de mantenimiento al servidor para mantener activa la conexión.
Dado que 5 minutos ==300 segundos, configure el intervalo de mantenimiento de la conexión DBMS <300 (por ejemplo, 250)
Significará "enviar una solicitud de mantenimiento cada 250 segundos". Haga clic en Aceptar.
Luego salga de MySQL Workbench y reinícielo para que los cambios surtan efecto.
Si usa el método de conexión estándar TCP/IP sobre SSH, también puede ser útil configurar ssh ServerAliveInterval.