Tuve el mismo error cuando bajé accidentalmente mi versión de MySQL de 8 a 5.7. En el primer inicio, la versión anterior rompió algo, por lo que la versión 8 mostraba el error anterior. En mi caso, primero tuve que ingresar al contenedor acoplable donde se estaba ejecutando MySQL
docker exec -it mysql bash
Luego básicamente seguí los pasos aquí
mysql -u root -p
mysql> SET GLOBAL innodb_fast_shutdown = 1;
mysql_upgrade -u root -p
Esto tomó algunos minutos, pero luego todo volvió a funcionar.
