Puede especificar los nombres de las tablas en la línea de comandos uno tras otro, pero sin comodines.mysqldump databasename table1 table2 table3
También puede usar --ignore-table si eso sería más corto.
Otra idea es poner las tablas en un archivo con algo como
mysql -N information_schema -e "select table_name from tables where table_schema = 'databasename' and table_name like 'bak_%'" > tables.txt
Edite el archivo y obtenga todas las bases de datos en una sola línea. Entonces haz
mysqldump dbname `cat tables.txt` > dump_file.sql
Para colocar tablas en una línea (no recomendado) puede hacer lo siguiente
mysql -NB information_schema -e "select table_name from tables where table_name like 'bak_%'" | xargs -I"{}" mysql dbname -e "DROP TABLE {}"
