Me encontré con esto anoche. Descubrí que FIND_IN_SET funciona aquí:
SELECT * FROM table WHERE FIND_IN_SET(id, @parameter) != 0
...
intArray = new List<int>(){1,2,3,4};
conn.Command.Parameters.AddWithValue("parameter", string.Join(",", intArray));
Aparentemente, esto tiene algunas limitaciones de longitud (encontré su publicación buscando una solución alternativa), pero esto puede funcionar para usted.