No recomendaría tratar de limitar el número de filas en una tabla SQL, a menos que tenga una muy buena razón para hacerlo. Parece que sería mejor usar una consulta como:
select top 1000 entityID, entityName from TableName
en lugar de limitar físicamente las filas de la tabla.
Sin embargo, si realmente desea limitarlo a 1000 filas:
delete from TableName where entityID not in (select top 1000 entityID from TableName)
