¡Esta es una pregunta simple con una respuesta muy complicada!
En resumen:EC2 proporcionará el máximo rendimiento si opta por un EBS RAID0. Hacer RAID0 EBS requiere una cantidad bastante significativa de gastos generales de mantenimiento, por ejemplo:
http://alestic.com/2009/06/ec2-ebs-raid
http://alestic.com/2009/09/ec2-instantánea-consistente
EC2 sin RAID0 EBS proporcionará un rendimiento de E/S deficiente, por lo que ni siquiera es realmente una opción.
RDS proporcionará un rendimiento muy bueno (aunque no el máximo) listo para usar. La consola de administración es fantástica y es fácil actualizar las instancias. La alta disponibilidad y los esclavos de solo lectura están a un clic de distancia. Es REALMENTE asombroso.
Respuesta corta:Ir con RDS. ¿Todavía en la cerca? ¡Ve con RDS! si le gustan los dolores de cabeza y ajustar hasta el último detalle para obtener el máximo rendimiento, entonces puede considerar EC2 + EBS RAID 0. Vanilla EC2 es una opción terrible para el alojamiento de MySQL.