¿Por qué no vincular las tablas a través de ODBC como sugiere Keltia y luego usar una serie de consultas para agregar registros que faltan y actualizar los registros modificados? Las consultas se pueden ejecutar a través de VBA. ADO también funcionará bien con MySQL y Access.
Algunas notas sobre el código utilizado en Access:
Set db = CurrentDb
strSQL = "Insert INTO [ODBC;DSN=DSNName;].NameOfMySQLTable " _
& "Select AnyField As NameOfMySQLField FROM AnyAccessTable;"
db.Execute strSQL, dbFailOnError
End Sub
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