El parámetro connect_timeout solo es válido en el momento de la conexión. Es útil verificar si se puede acceder a su servidor de base de datos en aproximadamente 20 segundos. Una vez conectado, el tiempo de espera especificado ya no es válido.
No encuentro ningún parámetro de tiempo de espera de consulta en la página del manual oficial de mysql:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/server-system-variables.html así que no creo que esto sea posible.
