Json codifica un conjunto completo de resultados de mysql

Si yo fuera tú, no json_encode cada matriz individual, pero combine las matrices y luego json_encode la matriz fusionada al final. A continuación se muestra un ejemplo usando 5.4's sintaxis de matriz corta:

$out = [];
while(...) {
  $out[] = [ 'id' => $i, 'name' => $row['name'] ];
}
echo json_encode($out);