El método más fácil para truncar todas las tablas conservando el esquema.
mysqldump -d -uuser -ppass --add-drop-table databasename > databasename.sql
mysql -uuser -ppass databasename < databasename.sql
No estoy seguro de si conservará los procedimientos almacenados, ya que no están en uso donde trabajo, pero lo uso regularmente para restablecer las bases de datos.
El -d activar mysqldump significa "no volcar datos".
El --add-drop-table antepone una declaración DROP TABLE a cada CREATE TABLE en el volcado.
