¿Cómo combinar dos filas y calcular la diferencia de tiempo entre dos valores de marca de tiempo en MySQL?

Creo que esta podría ser una forma más sencilla de alcanzar tu objetivo:

SELECT
    start_log.name,
    MAX(start_log.ts) AS start_time,
    end_log.ts AS end_time,
    TIMEDIFF(MAX(start_log.ts), end_log.ts)
FROM
    log AS start_log
INNER JOIN
    log AS end_log ON (
            start_log.name = end_log.name
        AND
            end_log.ts > start_log.ts)
WHERE start_log.eventtype = 'start'
AND end_log.eventtype = 'stop'
GROUP BY start_log.name

Debería ejecutarse considerablemente más rápido, ya que elimina una subconsulta.