Estoy usando XAMPP en Windows y tuve el mismo problema. Pensé que era la variable de tiempo de espera, pero era max_allowed_packet .
Esto lo ha solucionado:
# note the change was made at this section
[mysqld]
port= 3306
socket= "/xampp/mysql/mysql.sock"
basedir="/xampp/mysql"
tmpdir="/xampp/tmp"
datadir="/xampp/mysql/data"
skip-locking
key_buffer = 16M
# it was 1M by default
max_allowed_packet = 2M
table_cache = 64
sort_buffer_size = 512K
net_buffer_length = 8K
read_buffer_size = 256K
read_rnd_buffer_size = 512K
myisam_sort_buffer_size = 8M
Este archivo de configuración se encuentra en «Directorio de instalación de XAMPP, este es C:\XAMPP por defecto» \mysql\bin\my.ini .
