En caso de que alguien más se enfrente a esto, es un caso de PHP que no tiene acceso a las bibliotecas del cliente mysql. Tener un servidor MySQL en el sistema no es la solución correcta. Corrección para ubuntu (y PHP 5):
sudo apt-get install php5-mysql
Después de instalar el cliente, el servidor web debe reiniciarse. En caso de que esté usando apache, lo siguiente debería funcionar:
sudo service apache2 restart
