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¿Cómo sé si una tabla mysql está usando myISAM o InnoDB Engine?

Si usa SHOW CREATE TABLE, debe analizar el motor fuera de la consulta.

Seleccionar de la base de datos INFORMACION_ESQUEMA es una mala práctica, ya que los desarrolladores se reservan el derecho de cambiar su esquema en cualquier momento (aunque es poco probable).

La consulta correcta a utilizar es MOSTRAR TABLA ESTADO - puede obtener información sobre todas las tablas en una base de datos:

SHOW TABLE STATUS FROM `database`;

O para una tabla específica:

SHOW TABLE STATUS FROM `database` LIKE 'tablename';

Una de las columnas que obtendrá es Motor.