Hay dos problemas con este enfoque:
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MySQL no usará índices en dicha unión, lo que puede o no ser un gran problema según sus circunstancias (tamaño de la tabla/consulta/etc...)
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En cuanto al diseño de la base de datos, esto huele mal. Tal vez sea mi pobre imaginación :-) pero no puedo pensar en un ejemplo donde algo como esto estaría justificado. Si es una clave principal en una tabla, debería ser una clave externa en otra. ¿Puedes explicar lo que estás tratando de hacer con más detalle?