Clasificaría "$end - $start" como lógica de negocios, y eso pertenece a la capa del modelo, no a la capa de persistencia. Eso significa realizar el cálculo en PHP. Esto tiene una serie de beneficios:
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Si cambia las bases de datos más tarde, no necesita que existan los mismos operadores.
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Puede controlar la fuente de la lógica que realiza el cálculo.
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Puede realizar pruebas unitarias más exhaustivas.