Consulte esta respuesta
. Parece que el controlador MySQL debería estar en {$TOMCAT]/lib compartida entre aplicaciones. Compruebe que no lo está incluyendo con cada aplicación. Al menos funcionó para mí y he podido eliminar la advertencia.
Si está utilizando Maven, marque la dependencia como se proporciona.
ACTUALIZACIÓN:
La causa raíz es que Tomcat tiene problemas para recolectar basura del controlador porque está registrado en un singleton común a varias aplicaciones. Cerrar una aplicación no permite que Tomcat libere el controlador. Vea esta respuesta
.
