Es posible que pueda realizar algún tipo de sincronización de datos mediante disparadores (si su versión de mysql los admite). Le permiten ejecutar pequeños fragmentos de SQL en ciertos puntos, como después de insertar o eliminar datos de una tabla.
Por ejemplo...
create trigger TRIGGER_NAME after insert on INNODB_TABLE
insert into MYISAM_TABLE select * from INNODB_TABLE
where id = last_insert_id();
... Cada vez que se insertan datos en la tabla INNODB, los mismos datos se insertan automáticamente en la tabla MYISAM.
