No, no puede cambiar el formato MySQL predeterminado para las columnas DATE, DATETIME o TIMESTAMP.
Pero puede usar funciones MySQL en sus instrucciones SQL para generar una expresión DATE como una cadena en un formato diferente.
DATE_FORMAT( datecol , '%m/%d/%Y') AS datecol
(Eso funcionará bien en la lista SELECT, pero evite usar esto en cualquier predicado (es decir, la cláusula WHERE). Allí, querrá hacer referencia a la columna desnuda y convertir cadenas de su formato preferido 'MM/DD/YYYY' usando la función STR_TO_DATE, por ejemplo,
datecol >= STR_TO_DATE('07/16/2012','%m/%d/%Y')
Dicho esto, creo que realmente será mejor utilizar el formato de FECHA predeterminado de MySQL en sus interacciones con la base de datos y manejar los cambios de formato en su código.