Error ETIMEDOUT al consultar la base de datos mysql

El nodo es asíncrono, por lo que connection.end() es probable que suceda antes de que su consulta vuelva a llamar. Además, especifique el puerto en el que se ejecuta Mysql cuando no es estándar.

prueba esto:

var mysql      = require('mysql');
var connection = mysql.createConnection({
  host     : 'localhost',
  user     : 'root',
  password : 'root',
  database : 'test',
  port: 8889
});

connection.connect();

connection.query('SELECT * from users', function(err, rows, fields) {
    if(err) console.log(err);
    console.log('The solution is: ', rows);
    connection.end();
});