El problema del que proviene esto son los ID de usuario utilizados por Mac y Linux respectivamente. A Mac no le gusta que Linux quiera usar el 1 para el ID de usuario.
La forma en que solucioné toda la locura de los permisos en mi mac + la configuración de la máquina acoplable es usar este Dockerfile
FROM mysql:5.6
RUN usermod -u 1000 mysql
RUN mkdir -p /var/run/mysqld
RUN chmod -R 777 /var/run/mysqld
En lugar de la imagen simple de MySQL 5.6.
Las últimas 2 líneas son necesarias, porque cambiar el ID de usuario para el usuario de mysql estropeará los permisos de compilación para esa imagen. => necesitas los permisos 777 para que funcione aquí :/
Sé que esto es un poco complicado, pero hasta ahora es la mejor solución que conozco para el problema de los permisos aquí.
