Potencialmente muy peligroso, porque puede volver a obtener un número que ya está en uso.
Lo que propones es restablecer la secuencia a 1 nuevamente. Solo producirá 1,2,3,4,5,6,7,... y así sucesivamente, independientemente de que estos números estén en un espacio o no.
Actualizar: De acuerdo con la respuesta de Martin, debido a los peligros involucrados, MySQL ni siquiera te permitirá hacer eso. Restablecerá el contador al menos al valor actual + 1.
Piense de nuevo qué problema real provoca la existencia de lagunas. Por lo general, es solo una cuestión estética.
Si el número es demasiado grande, cambie a un tipo de datos más grande (bigint debería ser suficiente).