Actualización masiva de mysql con instrucción where

La solución más fácil en su caso es usar ON DUPLICATE KEY UPDATE construcción. Funciona muy rápido y hace el trabajo de manera fácil.

INSERT into `table` (id, fruit)
    VALUES (1, 'apple'), (2, 'orange'), (3, 'peach')
    ON DUPLICATE KEY UPDATE fruit = VALUES(fruit);

o usar CASE construcción

UPDATE table
SET column2 = (CASE column1 WHEN 1 THEN 'val1'
                 WHEN 2 THEN 'val2'
                 WHEN 3 THEN 'val3'
         END)
WHERE column1 IN(1, 2 ,3);