Definitivamente deberías hacer las tres inserciones en una transacción. Probablemente escribiría un procedimiento almacenado para manejar las inserciones.
EDITAR:
Aquí hay un ejemplo de un procedimiento almacenado con una transacción. Tenga en cuenta el uso de LAST_INSERT_ID() para obtener el ID del registro insertado anteriormente. Esto es solo dos tablas, pero debería poder extenderlo a tres tablas.
DELIMITER //
CREATE PROCEDURE new_engineer_with_task(
first CHAR(35), last CHAR(35), email CHAR(255), tool_id INT)
BEGIN
START TRANSACTION;
INSERT INTO engineers (firstname, lastname, email)
VALUES(first, last, email);
INSERT INTO tasks (engineer_id, tool_id)
VALUES(LAST_INSERT_ID(), tool_id);
COMMIT;
END//
DELIMITER ;
Y lo llamas así:
CALL new_engineer_with_task('Jerry', 'Fernholz', '[email protected]', 1);