Su mejor opción, en mi opinión, es decirle a MySQL que use GMT y maneje todos los problemas de hora local en el código de su aplicación, no en su base de datos. Los valores en la base de datos siempre serían GMT, punto final, que es inequívoco. Como usted dice, con los ajustes del horario de verano (horario de verano), puede terminar con el mismo valor en su base de datos para lo que son, para nosotros los humanos, dos horarios diferentes.
Esto también hace que la base de datos sea portátil. Si se muda a América del Norte y comienza a usar MySQL configurado para (digamos) la hora central, de repente los valores en su base de datos parecen haberse movido varias horas. Tuve ese problema con una base de datos que heredé que usaba la hora local del servidor:cuando la moví de la costa este de los EE. UU. a la costa oeste, sin haber pensado en verificar si MySQL estaba configurado para usar la zona de la máquina...
