mysql_query()
no es parte de PDO, por lo que las DLL que está comprobando (que son la dll de PDO para compatibilidad con MySQL) no son las que debe comprobar. Desea verificar php_mysql.dll
(.so en servidores linux).
Pero PDO es definitivamente la forma correcta de acceder a MySQL. Es mucho mejor que usar mysql_query().
Lea más aquí, en la página PDO de PHP .