Este problema es bastante común. Necesita una subconsulta para descartar la marca de tiempo máxima y el ratetypeid (que es la base para la agrupación) y luego seleccionar todo lo demás desde una unión interna de las filas de esta subconsulta y todo lo demás.
Para MySQL:
SELECT ratecode, rate, id, ratetypeid, date, entrytimestamp
FROM ratedefinitions,
(SELECT ratetypeid, MAX(entrytimestamp) AS max_timestamp FROM Rates
GROUP BY ratetypeid) AS inner_table
WHERE
inner_table.ratetypeid = ratetypeid
AND innertable.max_timestamp = timestamp
