NodeJS MySQL:medir el tiempo de ejecución de consultas

Una opción es simplemente marcar la hora antes de la consulta y después de la consulta y verificar la diferencia de esta manera:

// get a timestamp before running the query
var pre_query = new Date().getTime();
// run the job
connection.query(query, function(err, rows, fields) {
  // get a timestamp after running the query
  var post_query = new Date().getTime();
  // calculate the duration in seconds
  var duration = (post_query - pre_query) / 1000;
});