El orden en que se devuelven los resultados cuando no hay una cláusula ORDER BY depende del RDBM. En el caso de MySQL, o al menos en la mayoría de los motores, si no especifica explícitamente el orden, será ascendente, desde las entradas más antiguas hasta las más nuevas. No importa dónde se encuentre la fila "físicamente". Sin embargo, no estoy seguro de si todos los motores mysql funcionan de esa manera. Es decir, en PostgreSQL, el orden "predeterminado" muestra primero las filas actualizadas más recientemente. Esta podría ser la forma en que funcionan algunos de los motores MySQL también.
De todos modos, el punto es que, si desea que los resultados estén ordenados, siempre especifique el orden de clasificación, no dependa solo de algo predeterminado que parece funcionar. En su caso, desea algo trivial:desea que los usuarios estén en orden descendente, así que solo use:
SELECT * FROM users ORDER BY id DESC
