Respuesta corta:¡Claro que puedes!
Así es como lo hice:
//create the sequelize instance, omitting the database-name arg
const sequelize = new Sequelize("", "<db_user>", "<db_password>", {
dialect: "<dialect>"
});
return sequelize.query("CREATE DATABASE `<database_name>`;").then(data
=> {
// code to run after successful creation.
});
PD Dónde colocar el código dependerá de su necesidad. Dentro de un archivo de migración inicial funcionó para mí.