Hasta donde yo sé, a menos que esté utilizando conexiones persistentes, su conexión MySQL se cerrará al final de la ejecución de la página.
Por lo tanto, llamar a desconectar no agregará nada y debido a que realiza la conexión perezosa, puede causar que se cree una segunda conexión si usted u otro desarrollador comete un error y se desconecta en el momento equivocado.
Dado eso, solo permitiría que mi conexión se cierre automáticamente para mí. Sus páginas deberían ejecutarse rápidamente, por lo tanto, mantener la conexión durante ese breve período de tiempo no debería causar ningún problema.