El siguiente código resolvió mi problema:
$messages = Message::where('message_id', $id)->get();
foreach($messages as $message)
$message->users()->updateExistingPivot($user, array('status' => 1), false);
El siguiente código resolvió mi problema:
$messages = Message::where('message_id', $id)->get();
foreach($messages as $message)
$message->users()->updateExistingPivot($user, array('status' => 1), false);