eliminar filas de varias tablas

Bueno, si hubiera usado tablas InnoDB, podría configurar un eliminación en cascada con claves foráneas eso lo haría todo automáticamente. Pero si tiene alguna razón para usar MyISAM, simplemente use un múltiples -tabla ELIMINAR :

DELETE FROM boards, topics, messages
USING boards INNER JOIN topics INNER JOIN messages
WHERE boards.boardid = $boardid
    AND topics.boardid = boards.boardid
    AND messages.boardid = boards.boardid;