Puede hacerlo configurando set_time_limit en su código php (establecido en 0 para no tener límite)
set_time_limit(0);
O modificando el valor de max_execution_time directamente en tu php.ini
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; Resource Limits ;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
; Maximum execution time of each script, in seconds
; http://php.net/max-execution-time
; Note: This directive is hardcoded to 0 for the CLI SAPI
max_execution_time = 120
O cambiándolo con ini_set()
ini_set('max_execution_time', 120); //120 seconds
pero tenga en cuenta que para esta tercera opción:
Fuente www.php.net